Estando retirado San Francisco en el monte Alverna tuvo el impulso de abrir tres días seguidos los libros sagrados, repitiéndose en las tres ocasiones que el Nuevo Testamento se abrió por la Pasión de Cristo. Interpretó el santo que debía aumentar la mortificación y penitencia, y a los pocos días tuvo una visión en la que descendía del cielo un ángel con seis alas que parecía estar clavado a una cruz. La visión, además de un bienestar espiritual le produjo unas llagas que quedaron indelebles en su cuerpo en los mismos lugares en que Jesucristo las había sufrido en la crucifixión, esto es en pies, manos y costado. Cuenta San Buenaventura que cuando San Francisco descendió del monte sucedieron hechos extraordinarios, como el de atajar una peste del ganado que se había declarado en la región, con el simple hecho de tocar los animales el agua con que San Francisco se lavaba los pies y manos.