Estanislao nació en Rostkowo, en Polonia, y fue enviado a estudiar a los 13 años a Viena, donde vivió con su hermano Pablo, asistiendo ambos a un colegio de la Compañía de Jesús. La convivencia con su hermano fue la primera prueba difícil de su vida pues el carácter de ambos y su comportamiento iban por muy diferentes caminos. El niño Estanislao sufrió estos años con la mayor de las paciencias y se fue creando en él una resistencia al padecimiento que le sería muy útil el resto de su vida. En esa época comenzó a padecer un debilitamiento progresivo de la salud que se tradujo en graves accesos en alguno de los cuales tuvo ya visiones. En una de ellas se le apareció la Virgen, inclinándose a partir de ese momento su vocación hacia la Compañía de Jesús, en uno de cuyos colegios (Dilligen) siguió los estudios bajo la dirección de Pedro Canisio. Luego fue a Roma y se entrevistó con San Francisco de Borja quien quedó admirado de su seriedad y determinación. Su salud debilitada se quebró definitivamente en 1568 a los 18 años y, según sus biografías más comunes, él mismo predijo su muerte con unos días de antelación.