Margarita nació en Laviana, en la Toscana, y desde muy joven se fue a vivir con un noble, de quien tuvo un hijo sin estar casada con él. Habiendo muerto este hombre en un accidente de caza, no fue descubierto su cadáver, por un perro, hasta mucho tiempo después, lo que causó un efecto tan grande en Margarita que decidió cambiar su vida y, habiendo hecho confesión pública de su dolor, ingresó en la orden tercera de San Francisco en Cortona tras unos años de penitencia. La vida que llevó desde ese momento de mortificación y asperezas hizo que después de su muerte en 1297 fuese considerada como ejemplo de penitentes. En el Año Cristiano de la Biblioteca de Autores Cristianos, escribe María de San Pedro de Alcántara:

Junto a su tumba se multiplican los milagros. En su honor se levanta una basílica, exhortando los obispos vecinos la peregrinación a ella. En 1515, el mismo sucesor de Pedro, León X, se postra ante su sepulcro y permite la celebración de su fiesta en determinadas diócesis. Urbano VIII extiende este privilegio a toda la Orden franciscana. Clemente IX inscribe el nombre de la bienaventurada en el martirologio. Finalmente, Benedicto XIII, el 16 de mayo de 1728, promulga el decreto de su canonización. Momentos antes de emitir su juicio infalible traza un paralelo entre la penitente de Magdala y la de Cortona: ambas escucharon idénticas palabras de perdón porque habían derramado las mismas lágrimas de amor.