Nació San Francisco en el castillo de Javier, en Navarra, hijo de Juan Jaso y María Azpilicueta. Siendo el último de los hermanos sus padres decidieron dedicarle al estudio en lugar de a la carrera de las armas, de modo que tras comprobar su aplicación y mérito le enviaron a la Universidad de París, donde conoció a San Ignacio de Loyola a quien le unió una gran amistad y una fuerte admiración, siguiendo bien pronto los ejercicios espirituales que el santo de Loyola recomendaba para alcanzar la gracia. En efecto, Francisco Javier salió convertido y tomó los hábitos antes de partir hacia Roma donde comenzaron a obrarse ya en él hechos inexplicables. Tras pasar algún tiempo en Venecia preparando un viaje a Tierra Santa y atendiendo enfermos de los hospitales, recibió el encargo de San Ignacio de ir a Lisboa, por orden del Papa, para atender una petición de Juan III de Portugal que pedía que se fundase en ese país algún convento de la Compañía de Jesús. En 1541 se le encomendó extender la fe en Oriente y se embarcó hacia Goa, tardando en el viaje trece meses que fueron terribles pero que le permitieron demostrar su caridad con quienes habían enfermado en el camino. Una vez en Goa comenzó su predicación siendo famoso el episodio en que, hablando a diferentes tribus que se expresaban en lenguas diferentes, todos le entendían como si estuviese hablando en la de cada uno. Así siguió su labor pastoral impresionante y cuando estaba a punto de iniciarla en China le llegó la muerte. Sus restos fueron enterrados en Goa pero fue exhumado varias veces para prevenir o remediar diferentes pestes que amenazaban a la población, resultando en todos los casos que su cuerpo estaba incorrupto y como si acabara de morir, exhalando un aroma muy agradable.